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尝试质料和要领 化学库的制备 将36种差异代谢化合物的试剂级样品(S1文件中的表A)在二甲基亚砜(DMSO,无水)中稀释,标称浓度均为25mM。将一些代谢物起首消融在更换溶剂(去离子水,可选择插手0.5M或1M的盐酸)中,以促进化合物在DMSO中的消融。将10μL每种化合物中分到384孔的微量作育板(Labcyte384LDV)上。 数据殽杂物的筹备 在规格为76mm×120mm不锈钢MALDI板上制备化学数据殽杂物。行使声学液体处理赏罚器(LabcyteEcho 550型)将化合物从作育板转移到MALDI板上。仪器标称的单液滴体积为2.5nL,但为了低落液滴体积变革对功效的影响,凡是每种化合物行使2滴(5nL)。液滴以尺度的2.25mm点距排布,共计1536个位置(32×48)。 将化合物按编好的位置滴到MALDI板上之后,必要将MALDI基质原料添加到每个位置上。我们选择9-氨基吖啶作为基质原料,由于它与代谢物库可以或许共存,它在小分子系统中具备低配景(low background)特性,同时支持正离子和负离子模式。将MALDI板安排在干燥情形中,约莫在一夜时刻即可完成结晶(最多10小时)。干燥后,可将板储存在湿度节制柜中,或举办MALDI-FT-ICR质谱说明。 数据板的质谱说明 尝试中行使傅里叶调动离子盘旋共振(FT-ICR)质谱仪(SolariX 7T,Bruker)说明结晶代谢物数据殽杂物。准确的因素功效是每个频谱上的丈量时刻的函数。这些尝试中凡是耗时0.5-1秒,发生的判别精度<0.001Da。该仪器将持续丈量48x32网格上的每种殽杂物的质谱。测定所有样本只必要不到2个小时。 为了从质谱中读取编码数据,将代谢物存在的概率建模为多个猜测质量的组合。操作多项逻辑回归要领,思量偏移量的天然指数,加上全部辨认质谱信噪比之和,每个信噪比均与实习的权重系数相乘。在给定每种代谢物的n个最佳峰值输入的环境下,行使有限影象BFGS算法来猜测逻辑精度评分。 在尝试中,对全部代谢组称因素一再以上进程。 (编辑:湖南网) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |