新冠基因组变异说明不支持华南海鲜市场是源头

值得留意的是，按照中国粹者最新的基因组变异研究，关于新冠病毒是怎样进入人类社会的，有了新的看法。其结论包罗：一、华南海鲜市场的新型冠状病毒也许是从其他处所传入的，在市场中产生快速撒播伸张到市场之外；二、新型冠状病毒在2月12日（论文数据截至时刻）之前产生过2次明明的种群扩张 ；三、现扩散的病例至少来自于3个途径 ；四、新冠病毒基因组尚未产生明明重组变乱 。

这些结论来自中国科学院西双版纳热带植物园、中国科学院焦点植物园、韶关大学英东生物与农业学院、华南农业大学、北京脑科学与类脑研究中心（CIBR）团队。他们另辟门路，从病毒基因演化角度试图描画出病毒撒播路径，并找出谁有也许是“零号病人”。

该项研究通信作者为中国科学院西双版纳热带植物园副研究员郁文斌，论文问题为“行使整个基因组数据解码新冠病毒的进化和撒播”。研究最早于2月19日颁发在中国科学院科技论文预宣布平台ChinaXiv上，2月21日更新宣布第二版。

武汉样本中没有祖先单倍型，或从其他处所传入

在这项研究中，研究团队行使了来自GISAID EpiFluTM数据库的93个完备的新冠病毒基因组，个中中国患者样本有54个，包罗重庆3个样本、广东18个样本、湖北22个样本、中国台湾2个样本、浙江4个样本，其它其他5个省份有1个样本。中国境外包罗亚洲其他国度、欧洲、大洋洲、北美洲的39个样本。样本收罗时刻为2019年12月24日至2020年1月5日。

通过对93个样本的全基因组数据理会，新冠病毒的基因组巨细在29782bp-29903bp之间，来自GISAID的EPI_ISL_402131基因组(即bat-RaTG13-CoV)也被列入，今朝它的序列被以为最靠近新冠病毒。研究团队基于8个编码区120个变异位点（包罗79个非同义替代和40个同义替代，42个非同义替代改变了氨基酸的生化性子），获得58种单倍型（基因范例）。未检测到明明的重组变乱。

图1新冠病毒的基因组单倍型，赤色圆圈暗示华南市场样品，蓝色圆圈暗示与市场无关样品。

详细来说，这58种单倍型个中被分为5组。个中三此中心单倍型为H1、H3、H13，别离为A组、B组、C组，这三种单倍型被以为是迂腐超等撒播者。D组和E组的中心别离是两种新的超等撒播者单倍型，即H56和mv2。

58种单倍型中，H13和H38都大噶?鲦先单倍型，是体系发育中最基本的分支。两者均通过H3衍生出H1，即两条首要的演化路径为H13-H3-H1，可能H38-H3-H1。论文提到，两种环境都表白，H3是祖先单倍型到H1之间的要害。

但值得留意的是，武汉的样本中都没有H13和H38这两种祖先单倍型。

作者们以为，H13和H38也许通过一个假设的中间单倍型mv1与蝙蝠冠状病毒RaTG13相干联，因为今朝的样品中没有第一例传染者的样本和12月初的早期传染者的样本，最早的祖先单倍型也许还没有被发明。演化收集表白，假设的单倍型mv1也许来自中间宿主或第一个被传染的人。

武汉现有的样本中没有一份编码A组中的单倍型。A组的单倍型在遗传上只与来自武汉的单倍型H3有接洽(只有1份EPI_ISL_406801)，但该病例与华南市场没有接洽。值得留意的是,华南海鲜市场的全部的样品均有H1单倍型或其衍生(H2, H8-H12)，声名该市场在短期内即产生了撒播传染。

作者们以为，也许的环境是，华南海鲜市场的新冠病毒是从其他处所撒播过来，可能至少华南海鲜市场不是新冠病毒的原始来历。有也许是受传染的人将新冠病毒熏染给了市场的事恋职员，然后在市场上敏捷撒播。拥挤的市场增进了新冠病毒对去过该市场人群的撒播，并于2019年12月初撒播到整个都市，这与预计的种群扩张时刻相同等。

而祖先单倍型H38的样品来自美国华盛顿州的病患（美国首例），该患者于1月15日竣事武汉探亲回到华盛顿州。

研究团队以为，现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型，也许是由于现有样品首要采自几家定点医院，并且样品收罗时刻范围于2019年12月24日和2020年1月5日。假如能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型，将对付探求病毒来历很是有辅佐。

扩散病例至少来自3个途径

将58种单倍型分成了五组后说明昭示，广东的病毒也许有三个来历，重庆和台湾的病毒有两个来历。

在中国的54个样本中，重庆3个样本、广东18个样本、湖北22个样本、台湾2个样本、浙江4个样本，其他5个省份有1个样本。

武汉2019年12月24日至2020年1月5日的样本编码了13种单倍型，属于C类和B类。这些副黄?白，新冠病毒在武汉的撒播处于早期阶段。H1和H3是湖北以外地域单倍型的祖先。

从2020年1月10日至1月23日收罗的18个广东样本，编码了15种单倍型，属于A、C、E组，表白有多个来历输入广东。三个单倍型(H14、H15、H17)也许在当地演化,表白新冠病毒最初伸张到深圳时即产生了人际撒播。来自台湾的两个样本编码H3和H24，别离属于B组和D组,重庆的三个样品编码H1、H40和H45，别离属于B组和C组，表现这两个省或地域输入了两种来历。C组4个浙江的4个样本编码H1、H24，属于C组，表现仅从H1单倍型来历输入。

中国境外总的样本编码了31种A-E组的单倍型。个中，2个来自泰国的样本是H1单倍型，别离来自澳大利亚和比利时的1个样本是H3单倍型，1个来自美国的样本是H19单倍型，1个来自新加坡的样本是H40单倍型。

来自亚洲5个国度的12个样本编码了10个单倍型，7个和武汉有关，3个和深圳有关。在日本东京，人际撒播也许产生到H53单倍型患者到H52单倍型患者身上，患者此前从武汉撤回日本。

澳大利亚患者的5个样天职别编码B、C和D组的6个单倍型，均与武汉有关。病例（H3）、病例（H25、H26）、病例（H55,和H1有关）直接来自武汉，H25到H26产生了人际撒播，来自昆士兰统一旅游团。H56患者与H27患者之间的接洽不明晰，由于H56患者于1月25日从武汉飞往悉尼，H27患者于1月15日从武汉飞往墨尔本。

一种也许是有一此中间撒播者，他也撒播了新冠病毒，而且熏染给了法国、美国和中国台湾的其他病人。

8个欧洲样本编码了7个单倍型，来自四个国度的病人。比利时和德国的患者均有武汉观光史。英国的患者没有陈诉与武汉有关，但有发明从H28到H29的家属性撒播。法国的患者也许是通过三种差异的途径传染，即与武汉有关的H44、与重庆或新加坡有关的H43，以及与中间撒播者有关的H30。

（编辑：湖南网）

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